RNIDS u svojim aktivnostima sarađuje sa nizom domaćih i stranih institucija, srodnih regionalnih i međunarodnih organizacija, državnih organa, ovlašćenih registara nacionalnih internet domena i pripadnicima lokalne internet zajednice u Srbiji.
Saradnja se odvija kroz neposrednu saradnju u svakodnevnim aktivnostima, učešće na stručnim skupovima u zemlji i inostranstvu i zajedničkim projektima.
Na međunarodnom planu, kao nacionalni registar internet domena, RNIDS je član ccNSO u okviru ICANN-a, član CENTR-a, APTLD-a i organizacija RIPE NCC i DNS-OARC. Predstavnici RNIDS-a redovno učestvuju u radu stručnih skupova ICANN-a i CENTR-a, a postoji i saradnja sa organizacijama IGF, EuroDIG, ENISA i DiploFoundation.
Sa nacionalnim registrima internet domena iz regiona RNIDS ima posebne oblike saradnje. Regionalni partneri RNIDS-a su crnogorski doMEn, makedonski MARnet, hrvatski CARNet, slovenački ARNES i bosansko-hercegovački UTIC.
Na domaćem planu, RNIDS sarađuje sa ministarstvom nadležnim za poslove informacionog društva, RATEL-om, Akademskom mrežom Srbije, Kancelarijom za informacione tehnologije i elektronsku upravu, Privrednom komorom Srbije, visokoobrazovnim ustanovama i ostalim domaćim organizacijama iz oblasti povezanih sa Internetom.
Konferencija suosnivača RNIDS-a, na predlog Upravnog odbora, odlučuje o pristupanju i istupanju iz članstva domaćih i međunarodnih organizacija. Upravni odbor određuje lica koja će predstavljati RNIDS prilikom saradnje sa drugim organizacijama.